Après le Covid, la surveillance des eaux usées pourrait être étendue à d'autres virus en France
La surveillance des eaux usées, qui a démontré son intérêt en France pour le suivi du Covid-19 depuis quatre ans, pourrait être étendue à d'autres virus responsables d'infections virales respiratoires comme la grippe ou la bronchiolite, ont annoncé le 29 septembre l'Anses et Santé publique France (SpF).
Depuis septembre 2021, la détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées via le réseau SUM’EAU (Surveillance microbiologique des eaux usées) mis en place par la direction générale de la santé et la direction de l’eau et de la biodiversité permet de "suivre sa circulation au sein de la population et d'anticiper les pics de contamination", rappellent les deux agences sanitaires dans un communiqué.
Le réseau a débuté avec des prélèvements dans 12 stations de traitement des eaux usées (STEU) de grandes agglomérations pour tester les méthodes d’analyse, l’organisation du dispositif et la construction des indicateurs. Depuis février 2024, le suivi a été étendu à 54 STEU réparties sur tout le territoire français pour améliorer le taux de couverture de la population suivie. Chaque semaine, les eaux usées sont collectées à l’entrée des stations, échantillonnées puis envoyées aux quatre laboratoires d’analyses du réseau SUM’EAU qui y recherchent la présence des particules virales de SARS CoV-2. Depuis la saison hivernale 2023-2024, les données provenant des eaux usées collectées dans le cadre de SUM’EAU contribuent à la surveillance intégrée des infections respiratoires aigües, en complément de celles des passages aux urgences, de la médecine de ville et des laboratoires d'analyse médicale en ville et à l'hôpital.
Depuis le début de cette surveillance, "sept pics de circulation du virus ont été enregistrés en France", indiquent les deux agences sanitaires. Une "augmentation de la détection" du virus du Covid-19 dans les eaux usées "peut précéder de plusieurs jours l'augmentation des consultations aux urgences pour Covid", explique Christophe Cordevant, conseiller scientifique microbiologie et maladies infectieuses émergentes à l'Anses, cité dans le communiqué. Elle permet donc "d'anticiper les vagues épidémiques et de mobiliser le matériel et le personnel nécessaires", ainsi que de "suivre les personnes porteuses du virus qui ne consultent pas de médecin", dit-il.
"Fort du succès" de cette surveillance, "il est désormais envisagé de (l')étendre à d'autres pathogènes" comme "les autres virus responsables d'infections virales respiratoires" - grippe, bronchiolite - "à l'origine d'épidémies saisonnières", annoncent les deux agences. Une méthode innovante a été développée pour détecter le virus de la rougeole, même lorsque sa concentration est faible - en le distinguant du virus atténué, présent dans les urines après une vaccination-, mais compte tenu de la faible fréquence actuelle, sa surveillance ne sera pas permanente.
Ce projet va "faciliter la transposition, en France, de la directive européenne sur les eaux usées", qui "introduit les principes de surveillance de l'évolution de pandémies", précisent l'Anses et SpF. Il prépare aussi l'intégration des indicateurs au niveau européen par le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).
