Biodiversité : le décret sur l’application d’un délai différé pour la compensation en consultation

Le ministère de la Transition écologique a ouvert à la consultation publique (jusqu’au 12 novembre prochain) un projet de décret relatif aux modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité. 

Cet assouplissement majeur a été introduit par la loi de simplification de la vie économique (art.42) venue modifier l’article L.163-1 du code de l’environnement pour favoriser un démarrage rapide des projets d’aménagement, notamment industriels. Le principe demeure d’éviter toute perte nette de biodiversité pendant la durée des atteintes. Une dérogation encadrée est toutefois introduite pour justifier un décalage dans le temps de la mise en oeuvre des mesures de compensation lorsque la complexité - notamment du fait de contraintes liées à la maîtrise foncière, à la réalisation d’actes juridiques ou aux cycles biologiques des espèces et des habitats concernés - ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas. La loi prévoit la possibilité de compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et fixé dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet. 

Le décret en Conseil d’État soumis à consultation précise les conditions de recours à la mise en œuvre différée, les éléments à fournir à l’appui de la demande et les modalités d’encadrement et de suivi des mesures de compensation.

Garanties écologiques 

"La possibilité de différer la mise en œuvre des mesures de compensation ne remet pas en cause les exigences applicables à la séquence 'éviter, réduire, compenser', ni l’objectif de compensation des atteintes résiduelles à la biodiversité", insiste la notice de consultation. Au cours des travaux législatifs préparatoires, la suppression dans le texte de "l'obligation de résultats" des mesures de compensation environnementale a suscité des interrogations voire des inquiétudes auprès de certains acteurs, en particulier de l’Office français de la biodiversité (OFB). 

Le ministère souligne que le dispositif repose notamment sur le "maintien de l'obligation de résultat" en s’appuyant sur la décision du Conseil constitutionnel n°2026-903 DC du 21 mai 2026 sur la loi de simplification de la vie économique (les Sages se sont entre autres penchés sur cet article 42 écartant le grief de méconnaissance des articles 3 et 4 de la Charte de l'environnement) et sur les directives Habitats et Oiseaux. "L’objectif final d'absence de perte nette, voire de gain de biodiversité, reste impératif à l'expiration du délai accordé", martèle-t-il. À défaut, le maître d’ouvrage s’expose, en application de l’article L.163-4 à des mesures d’exécution d’office, des prescriptions complémentaires et à une amende.

Cinq critères d’appréciation du délai

Le projet de décret prévoit d’insérer un article R.163-15 dans le code de l’environnement afin de préciser les modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation. Il retient une grille de cinq critères pour apprécier le caractère raisonnable et écologiquement pertinent du délai. 

L'autorisation du différé est appréciée par l’autorité administrative au regard des caractéristiques et de la réversibilité des atteintes occasionnées par le projet, de la résilience des espèces et habitats, ainsi que des contraintes techniques du génie écologique. Le texte garantit également la sécurisation foncière en couvrant la finalisation des actes ou l’acquisition d’unités de compensation (UCRR) sur des emprises préalablement identifiées, tout en excluant formellement toute phase de prospection foncière postérieure à l’autorisation. Et prévoit la prise en compte des pertes nettes intermédiaires, notamment pour les populations locales des espèces affectées. 

L’autre volet du texte concerne l’encadrement de l’instruction, de l'autorisation et du suivi de réalisation. Le dossier de demande doit comporter une double justification. Le maître d'ouvrage doit ainsi justifier le recours au différé d'une part, et le délai sollicité d'autre part, et ce au moyen d'éléments proportionnés à l'importance des atteintes et aux enjeux de conservation. L’arrêté préfectoral d’autorisation précise les mesures différées et leur localisation (ou la désignation des UCRR acquises), le délai d'exécution, les échéances intermédiaires, les résultats visés et les mesures complémentaires nécessaires pour compenser les pertes intermédiaires. Sur les modalités de suivi, le texte impose au bénéficiaire de transmettre un rapport de réalisation à l'autorité administrative dans un délai de quatre mois suivant l'achèvement des mesures. 

Entrent dans le champ d’application du projet de décret les autorisations environnementales mentionnées à l’article L.181-1 du code de l’environnement ainsi que tout autre catégorie d’arrêté préfectoral autorisant le projet sous réserve de mesures de compensation (dérogations espèces protégées, défrichement, etc.).

Notons que la récente loi d’urgence agricole contient des dispositions modifiant le régime de compensation environnementale applicable aux terres agricoles, en permettant notamment qu'elle puisse être mise en oeuvre dans un périmètre géographique élargi.